Defterdar, Sadrazam Mustafa Paşa, caminin bulunduğu araziyi kardeşi Ali Efendi’den satın almıştır. 1753 yılında bu cami inşa edilmiştir Mustafa Paşa’nın Çorlu’lu olduğu bilinmektedir. Baş emir ahurluktan birdenbire sadrazamlığa yükselmiştir. Yaşağıdığı dönemde iki kez sadrazamlık yapmış, üçüncü görevinde sırasında azledilmiştir. Kaynaklara göre 1764 yılında Midilli adasında öldürülmüştür.
Nakşibendi Tarikatı şeyhlerinden Seyit Ahmet Efendi zamanında Maktul Mustafa Paşa cami bahçesine Nakşibendi tekkesi inşa edilmiş ve 1874 yılına kadar burada hizmet vermişlerdir. İmamlık, Hocalık yapıp dersler vermişlerdir. O dönemde Nakşibendilerin ibadethanesi olmuştur. Nakşibendi şeyhlerinin, imamlarının kabirlerinin burada olduğu söylenmektedir.
Cumhuriyet Dönemi’nde tekke ve zaviyelerin kapatılmasından sonra Maktul Mustafa Paşa Camii Ve Külliyesi oldukça kötü durama gelmiştir. 1974 yılında çevre yolunun yapılması nedeniyle Cami kör bir sokakta kalmıştır. Osmanlı Kültür ve Mirasının önemli örneklerinden biri olan Maktul Mustafa Paşa Camii Ve Külliyesi Sn. Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan’ın İstanbul’da belediye başkanlığı yaptığı dönemde 1997 yılında restore edilmiş ve 1998 yılında da ibadete açılmıştır.
Adres: Defterdar, Fethi Çelebi Cd. No:25, 34050 Eyüpsultan/İstanbul
